Im Frühjahr 1961 bekam dann die Firma Heißler aus Markelsheim (heute ein Stadtteil von Bad Mergentheim) den Auftrag zur Disposition und Kostenberechnung einer neuen Orgel. Nach langen Querelen mit Rottenburg konnte dann am 18. November 1963 die alte Orgel von der Firma Heißler abmontiert werden und kurz vor Weihnachten war bereits der Aufbau der neuen Orgel beendet. Das Werk hat 1554 Pfeifen und kostete 52.000 DM.
Im Sommer 1964 wurde die Orgel nochmals nachgestimmt und intoniert, so dass im September 1964 die feierliche Orgelweihe durch Herrn Dekan Dietrich stattfinden konnte. Im Unterschied zu ihrer Vorgängerin, die 1762 Pfeifen und 24 Register hatte, besitzt die neue Orgel nur 1554 Pfeifen und 21 Register.
Der damalige Organist, Herr Eduard Muth, schreibt hierzu: Warum Herr Dr. Böhringer bei der Disposition nicht einige schöne Metallregister der alten Orgel wieder verwendet hat, ist nicht bekannt. Ich denke hier vor allem an: Hornprinzipal, Viola, Gemshorn und der zarten Register Aeoline und Vox coelestis sowie Flautino.

Bei der letzten großen Kirchenrenovation in den achtziger Jahren wurde die Orgel nicht ausgebaut und auch nicht überholt. Ein vom Kirchengemeinderat im Jahre 1997 in Auftrag gegebenes Gutachten ergab, dass eine gründliche Überarbeitung der Orgel nicht zu umgehen war. Der Kirchengemeinderat beauftragte im Sommer 2000 die Firma Seifert aus Kevelaer die notwendigen Arbeiten an der Orgel vorzunehmen. Die Orgel wurde schließlich im Oktober 2000 von der Firma Seifert ausgebaut und nach Kevelaer gebracht. Bei den Reinigungsarbeiten zeigte sich, dass einige Register ganz neu zusammengestellt werden mussten, da die bisherigen Pfeifen im Lauf der Zeit so gelitten hatten, dass sie nicht mehr intoniert werden konnten. Auf Anraten des Orgelsachverständigen, Herrn Saum, wurde auch das bisherige Quintade 16´ Register in ein Gedecktbaß 8` Register umgebaut. Das Pedalwerk unserer Orgel reicht von C bis f`, das Manual I (Rückpositiv) von C bis g³ und das Manual II (Hauptwerk) ebenfalls von C bis zum g³.
Am 24. Mai 2001 (Christi Himmelfahrt) war es dann endlich soweit, die renovierte Orgel, die „Königin der Instrumente“, konnte uns wieder in unseren Gottesdiensten begleiten.